Przedsiębiorcy rozliczający się między sobą wybierając określony model rozliczania biorą pod uwagę przede wszystkim charakter przeprowadzanej transakcji. Przy umowach realizowanych etapowo, rozliczeń można dokonywać za pomocą faktur zaliczkowych lub częściowych.
W art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, dalej jako ustawa o PDOP zostały uregulowane kwestie dotyczące ogólnej zasady kwalifikowania wydatków poniesionych przez przedsiębiorcę, do kosztów uzyskania przychodów. Zgodnie z przepisem, kosztami uzyskania przychodów są wydatki, które zostały poniesione w celu osiągnięcia przychodów bądź zachowania lub zabezpieczenia ich źródeł. Wyjątkiem od tej reguły są wydatki, które zostały wyłączone z kosztów uzyskania przychodów (wykaz w art. 16 ust. 1 ustawy o PDOP). Aby poniesiony wydatek mógł być dla podatnika kosztem uzyskania przychodów, to musi mieć charakter rzeczywisty. Definitywny (rzeczywisty) charakter wydatku oznacza, że nie zostanie on podatnikowi zwrócony w żadnej formie (interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 4 maja 2017 roku, znak: 2461-IBPB-1-2.4510.100.2017.I.AK).
Faktura zaliczkowa
nie daje możliwości zaliczenia należności z niej wynikających, do kosztów uzyskania przychodów. Zaliczkę płaci się na poczet przyszłych zobowiązań. Jeżeli umowa jest należycie wykonana, to zaliczka zostaje zaliczona akonto należnego świadczenia za wykonaną pracę. W przypadku kiedy umowa zostanie zerwana z jakiś przyczyn, to zaliczka musi zostać zwrócona. Pomimo, że została wpłacona, to jednak poniesiony wydatek nie ma charakteru definitywnego i ostatecznego, a to nie daje podstawy do uznania go za koszt uzyskania przychodów. Takie stanowisko zajął Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w wydanej interpretacji indywidualnej z 31.08.2018 r. o sygn.. 0111-KDIBI-1.4010.322.2018.1.BK.:
wartość wpłaconej zaliczki może być zaliczona do kosztów podatkowych dopiero po wykonaniu należnego świadczenia oraz wykazaniu związku pomiędzy poczynionym wydatkiem a przychodem podatkowym, a także pod warunkiem odpowiedniego udokumentowania wykonania takiego świadczenia. Zatem, aby zaliczka mogła zostać uznana za koszt uzyskania przychodu, świadczenie w ramach którego zaliczka została uiszczona musi być wykonane i odpowiednio udokumentowane.
Z interpretacji wynika, że zaliczkę można ująć w kosztach podatkowych dopiero w sytuacji kiedy będzie ona stanowiła zapłatę za wykonane świadczenie. Przedsiębiorca zatem ma prawo do zaliczenia kwot z faktur zaliczkowych do kosztów uzyskania przychodów tylko w oparciu o fakturę końcową.
Faktura częściowa
pozwala zaliczyć należności do kosztów uzyskania przychodów, ponieważ kwoty z niej wynikające dokumentują zakończenie poszczególnych etapów prac lub wykonanej usługi. Pozwala to stwierdzić, że wydatki związane z fakturami częściowymi mają charakter definitywny i tym samym spełniają warunki, które pozwalają zaliczyć je do kosztów uzyskania przychodów. Zgodne z interpretacją indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 31.08.2018 r.